Общая охраняемая законом площадь в Странджанском массиве - 5 395.6 га, то есть около 5 % всей территории. Защищенные территории включают в себя природные заповедники, защищенные регионы, национальные памятники и исторические объекты.

Туристы допускаются на защищенные территории, но посетители обязаны соблюдать определенные правила. Защищенными являются территории:

• - Велека, в регионе сел Брышлян, Звездец и Стоилово. Здесь встречается интересная флора, фауна, скальные образования;
• - Парория, в районе сел Заберново и Калово - посетители могут видеть самое старое и объемное дерево Странджи. Историки считают, что в этом районе действовала мистическая православная школа Григория Синаита;
• - река Марина - расположена в глубине букового леса, в этой области находится самая многочисленная формация странджанской черники.
• - Докузак, в области Малко Тырново, с самой значительной формацией находящегося под угрозой крымского чая.
• - Устье реки Велеки, в районе Ахтополя, Бродилово и Синеморца - под защитой находится специфическая прибрежная растительность, а также и морской шельф.
• - Силистар, в районе Резово. Защищены скалы, песчаные ивицы и разнообразная растительность.
• - Босна, Кривизиново, Калката и Мориан объявлены защищенными территориями для сохранения гнезд редких и находящихся под угрозой видов птиц.